Boćki pierwszy raz w źródle historycznym zostały wymienione w 1499 r. Dnia 17 września 1509 r. Zygmunt Stary nadał sześć osad nad Nurcem marszałkowi i sekretarzowi Wielkiego Księstwa Litewskiego Janowi Sapieże, któremu również pozwolono na założenie miasta na prawie magdeburskim, organizowanie trzech jarmarków i zbudowanie zamku. Właściciel Bociek niebawem znacznie poszerzył swe dobra i w budowanym mieście w 1513 r. ufundował kościół parafialny. Jan Sapieha był pierwszym wojewodą podlaskim, zmarł w 1517 r. w pobliskim Dubnie i został pochowany w Boćkach. Przed 1568 r. Sapiehowie sprowadzili do miasta Żydów, którzy niebawem utworzyli gminę wyznaniową.
Sapiehowie władali Boćkami do II połowy XVIII w. Tutaj zbudowali swą rezydencję. W 1591 r. dobra boćkowskie o powierzchni ok. 3.600 ha obejmowały miasto i dziewięć wsi. W 1638 r. uległy one podziałowi na boćkowskie i dubińskie, ale nadal były we władaniu Sapiehów. W Dubnie znajdował się dwór z kaplicą. W 1674 r. w Boćkach mieszkały 463 dusze podatkowe, w tym ponad 54 proc. unitów, 25 proc. katolików i 21 proc. Żydów. Dobra obejmowały ówcześnie miasto oraz wsie Knorydy, Krasna Wieś, Romaszki, Mokre, Stara Wieś, Andrianki i Żołoćki. Znaczną część tych dóbr posiadał kasztelan lubelski Szczęsny Zygmunt Parys. W 1693 r. drogą zastawu Boćki trafiły w posiadanie Branickich, ale niebawem poprzez małżeństwo powróciły do Sapiehów. W tym czasie w mieście był rynek oraz sześć ulic: Bielska (przy tej cegielnia), Brańska, Dubieńska, Dworska, Załuska i Zarzecka.
W 1730 r. skarbnik litewski Józef Franciszek Sapieha z żoną Krystyną z Branickich ufundowali w mieście drugi kościół katolicki, jako miejsce godne relikwii ciernia z korony Chrystusa. Świątynię poświęcono dziewięć lat potem i przekazano do użytkowania zakonowi franciszkanów reformowanych, dla których wzniesiono też klasztor. Szczególnie rozwinął się w Boćkach kult św. Antoniego Padewskiego, a na odpust w tym terminie do miejscowości tej przybywało wielu pielgrzymów.
W XVIII w. dobra boćkowskie, zwane hrabstwem, zamieszkiwała szlachta, bojarzy (Romaszki, Knorydy, Mokre, Stara Wieś, Krasna Wieś), a najliczniej chłopi. Boćki słynęły z rzemiosła rymarskiego. W latach 60. XVIII w. miasto wraz z ręką Teresy, córki Józefa Sapiehy, przeszło w posiadanie podczaszego litewskiego Joachima Karola Potockiego. Ród ten władał miastem przez niemal sto lat.
W 1794 r. z polecenia władz powstańczych z dóbr boćkowskich insurekcję kościuszkowską zasiliło 9 konnych kantonistów z bronią. W 1800 r. w Boćkach mieszkało 1.513 osób, w tym 44 proc. Żydów. Miasto było punktem etapowym stacji pocztowej.
W 1820 r. Jan Potocki ufundował wyznawcom obrządku wschodniego murowaną cerkiew, istniejącą do dzisiaj. W 1824 r. zamknięto katolicki kościół parafialny stojący w rynku. Zaborcy nie pozwolili dokończyć budowy nowej świątyni. W 1832 r. władze rosyjskie usunęły reformatów z klasztoru, a świątynię klasztorną zamieniono na kościół parafialny. W tym czasie znacznie została też osłabiona gmina żydowska, która uległa podziałowi.
Pod Boćkami 20 września 1863 r. Antoni Barancewicz na czele oddziału liczącego 109 partyzantów stoczył potyczkę z wojskami rosyjskimi kpt. Emalienowa.
Od lat 60. XIX w. właścicielką Bociek była Joanna Defler. W 1897 r. w mieście mieszkało 2.636 ludzi, w tym 53 proc. Żydów. W 1912 r. rozebrano klasztor reformatów i z jego cegły wzniesiono cerkiew w Andryjankach. Na skutek tzw. „bieżeństwa” znaczna część wyznawców prawosławia została w 1915 r. ewakuowana w głąb Rosji, w wyniku czego do 1929 r. nie funkcjonowała tutaj parafia prawosławna. W czasie wojny polsko-bolszewickiej w 1920 r. w okolicach Bociek doszło do walk, a brał w nich udział m.in. Władysław Broniewski. W 1931 r. w Boćkach mieszkało 2.326 osób, w tym 1.138 katolików, 736 Żydów i 421 prawosławnych. W 1934 r. Boćki utraciły prawa miejskie.
W trakcie II wojny światowej miejscowość znacznie ucierpiała. Miejscowych Żydów Niemcy wymordowali w Treblince.
W roku 1730 Józef Franciszek Sapieha funduje kościół pod wezwaniem świętych Antoniego i Józefa, przy którym działają Ojcowie Bracia Mniejsi Zakonu Św. Franciszka Reformaci. Sam kościół dobrze zachował się do dnia dzisiejszego, zaś ze zburzonego w okresie zaborów klasztoru została zbudowana cerkiew w Andryjnkach pw. Podniesienia Krzyża Chrystusowego.
Boćkowski kościół posiada unikatowe w skali europejskie zabytki: wspaniałe ołtarze barokowe, jedyne w Polsce tabernakulum z zespołem 67 plakiet, freski na kopule oraz relikwie św. Antoniego z Padwy. Obecnie ten zabytek klasy zerowej został, jako świątynia podniesiony do rangi sanktuarium.
W stronę fasady kościoła spogląda swymi kamiennymi oczyma, pochodząca z XVIII wieku, figura św Jana Nepomucena.
Cerkiew w Boćkach ufundowali Potoccy. Obecnie budynek świątyni - o unikalnej, nietypowej dla architektury sakralnej prawosławia, dwuwieżowej bryle - został gruntownie odnowiony. Prace konserwatorsko - remontowe zostały docenione przez Ministra Kultury i boćkowska cerkiew pod wezwaniem Zaśnięcia Najświętszej Maryi Panny chlubić się może tytułem Zabytek Zadbany.
Od XVIII wieku w Boćkach funkcjonowała stacja pocztowa, gdzie wymieniano konie kursujących tu dyliżansów. Rozwijał się dzięki temu przemysł rymarski, którego wyroby znane były nie tylko w okolicy. I od wyrabianych przez rymarzy słynnych batów i dyscyplin zwanych boćkowcami wzięły swą nazwę Boćki. Zygmunt Gloger w swej Encyklopedii staropolskiej ilustrowanej pisze, że pospolite było ongiś przysłowie odnoszące się do wykorzystania w wychowaniu młodzieży owych wyrobów rymarskich: "Boćkowskiego prawa artykuły niejedną cnotę wykuły". Podobna w swym tonie jest też wypowiedź Wincentego Pola: "Jeszcześ mi nie wyrósł z pod władzy ojcowskiej: Mam jeszcze ów samy monitor boćkowski".
XIX - wieczny dworek w Andryjankach, z charakterystycznym dla kresów wschodnich zespołem parkowym.
Cerkiew pod wezwaniem Podniesienia Krzyża Chrystusowego w Andryjankach - obecnie odrestaurowana
Ziemia Boćkowska była niemym świadkiem wielu ciekawych i dramatycznych wydarzeń ściśle związanych z historią całej naszej Ojczyzny. Tu toczyły się walki w czasie potopu szwedzkiego, tu Podlasiacy bohatersko stawiali opór zaborcy podczas powstania styczniowego. Pamiętający ofiarę swych ojców mieszkańcy ziemi boćkowskiej wznieśli pomniki, składające hołd poległym na “ołtarzu wolności”. 20 czerwca 1926 roku, młodzież z Teatru Ludowego w Lubiejkach ufundowała obelisk Poległym Powstańcom 1863 r. Odrestaurowany staraniem władz i społeczeństwa gminy pomnik stoi na leśnej mogile przy skrzyżowaniu dróg z Bociek do Wygonowa i Wandalina.